Szkoła kształci uczniów w grze na organach w cyklu 6-letnim. Instrumentem głównym są organy. Przez pierwsze 4 lata uczeń uczęszcza dodatkowo na lekcje fortepianu. Od trzeciej klasy rozpoczynają się zajęcia z akompaniamentu liturgicznego. Wraz z przedmiotami praktycznymi prowadzone są przedmioty teoretyczne na poziomie szkoły muzycznej II stopnia, takie jak: zasady muzyki, kształcenie słuchu, harmonia, historia muzyki oraz typowe dla tej specjalizacji organoznawstwo czy literatura organowa.

Nauka w klasie wokalnej trwa 4 lata. Oprócz przedmiotów obowiązujących w siatce dla kierunku "śpiew solowy", szkoła rozszerzyła naukę o przedmioty: liturgikę i prawodawstwo liturgiczne, aby umożliwić absolwentowi podjęcie pracy kantora. Jest to pierwsza taka specjalizacja w Polsce.